Die per August 2007 überarbeitete Verordnung über die Anerkennung von gymnasialen Maturitätsausweisen (MAR) bringt auch der Kantonsschule Glarus Änderungsbedarf: 2011 wird ein neues Maturitätsreglement angewendet, welches die naturwissenschaftlichen Fächer neu gewichtet; die Einzelnoten werden nicht mehr zu einer Bereichsnote zusammengefasst und die Maturaarbeit wird für die Maturität zählen. Da deutlich mehr Noten zählen, wurde die Bestehensnorm angepasst; neu sind vier statt nur drei Noten unter 4 zulässig, die aber weiterhin doppelt kompensiert werden müssen. Ab August 2008 gilt das neue Promotionsreglement für die dritten und vierten Klassen, da diese 2011 die Matura nach der revidierten MAR absolvieren werden.
Anpassungsbedarf ergibt sich auch aus dem ab 2009 neuen Profil der Unterstufe: Die zusätzlich während zwei Jahren zu besuchenden Profilfächer „Kultur und Sprache der Antike“ (anstelle Latein) sowie „Naturwissenschaftlicher Projektunterricht“ müssen ins Promotionsreglement aufgenommen werden. Alle Lernenden treten mit denselben Voraussetzungen in die Mittelstufe über.
Aktuelle Erkenntnisse sind in die Entwicklung des neuen Profils eingeflossen. Aufgrund der Ergebnisse der PISA-Studie werden beim Deutschunterricht keine Abstriche gemacht; die Einführung des Englischunterrichts ab der dritten Klasse der Primarschule wirkt sich auf die Stundentafel des Untergymnasiums aus. Mit dem „Naturwissenschaftlichen Projektunterricht“ wollen gezielt diese Fähigkeiten und Neigungen vermehrt gefördert sowie Forderungen von Industrie und Universitäten erfüllt werden. Das Profil ist ein wichtiger Bestandteil des Lehrplans. Gegenüber dem gültigen Lehrplan wurden folgende Abschnitte neu aufgenommen: „Selbst- und Sozialkompetenz“, „Arbeits- und Lernverhalten“, „Umgang mit Medien“ und „Informations- und Kommunikationstechnologien“ (den Profilfächern zugeordnet).
