Der Obersee oberhalb von Näfels ist wegen seiner geringen Tiefe, der relativ hohen Sommer-Wassertemperatur und der Nährstoffverfügbarkeit ein idealer Lebensraum für einen üppigen Bewuchs mit Wasserpflanzen. In den letzten 20 Jahren hat sich das Artenspektrum wahrscheinlich aufgrund von Nährstoffeinträgen deutlich verschoben: Während früher niederwüchsige Pflanzen vorhanden waren, kommen heute hochwachsende Pflanzen vor, die bis an die Seeoberfläche reichen. Bei tiefem Wasserstand bilden sich dadurch dichte Vegetationsmatten an der Wasseroberfläche. Durch Windwirkung und andere Einflüsse können sich diese Pflanzen lösen und grössere frei schwimmende Matten bilden. Die übermässige Vegetationsentwicklung ist in den Sommermonaten unschön anzusehen, kann zu Geruchsbelästigungen führen und die Ausübung der Fischerei sowie zeitweise den Kraftwerkbetrieb behindern. Seit 2010 ist die aus Nordamerika stammende, invasive «Nuttalls Wasserpest» (Elodea nuttallii) die dominierende Pflanzenart im Obersee und hat das vorher vorherrschende, einheimische «durchwachsene Laichkraut» (Potamogeton perfoliatus) abgelöst.
Im Sommer 2014 und 2015 wurden im Auftrag des Kantons von einer Fachfirma eingehende Untersuchungen mit Tauchgängen zur Situation des Pflanzenbestandes und zu möglichen Massnahmen durchgeführt. Diese Untersuchungen haben gezeigt, dass sich der Bestand der «Nuttalls Wasserpest» in diesen zwei Jahren unterschiedlich entwickelt hat. Im Jahre 2015 war der Bestand deutlich dichter und nahm eine grössere Fläche ein. Entscheidend für die Entwicklung der Art sind verschiedene Faktoren wie die Dauer der Eisbedeckung im Frühling, der Wasserstand sowie die im Laufe der Vegetationsperiode verfügbaren Sonnenstunden. Diese Faktoren können nur zum Teil beeinflusst werden. Verschiedene Massnahmen zur Verminderung der «Nuttalls Wasserpest» im Obersee wurden geprüft. Eine vollständige Elimination ist aufgrund der heutigen Erfahrung mit dieser Pflanze nicht möglich. Auch ein Ausmähen oder Abschöpfen dieser Pflanzen reduziert die Pflanzenbestände nicht nachhaltig, sondern fördert sogar deren Wachstum. Zudem besteht die Gefahr einer unkontrollierbaren Verbreitung durch Schnittreste, denn aus einzelnen Pflanzenteilen können wiederum neue Pflanzen wachsen. Im Jahre 2016 werden einzelne Massnahmen wie ein tiefer Seestand im Frühling und ein hoher im Sommer ausprobiert und die Situation anschliessend beurteilt. Die Verantwortlichen von Gemeinde, Kanton und Technischen Betrieben Glarus Nord nehmen das Problem des übermässigen Pflanzenbewuchses im Obersee sehr ernst, leider sind keine einfachen Lösungen absehbar.
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