Wo früher am Grund niederwüchsige Pflanzen gewachsen sind, kommen heute hochwachsende Pflanzen vor, die bis an die Seeoberfläche reichen. Durch Windwirkung können sich diese Bestände lösen und grössere frei schwimmende Matten bilden. Diese sind in den Sommermonaten unschön anzusehen, können zu Geruchsbelästigungen führen und die Ausübung der Fischerei sowie zeitweise den Kraftwerkbetrieb behindern.
Seit 2010 ist die aus Nordamerika stammende, invasive «Nuttalls Wasserpest» (Elodea nuttallii) die dominierende Pflanzenart und hat das vorher vorherrschende «durchwachsene Laichkraut» abgelöst. Im Sommer 2014 wurden im Auftrag des Kantons von einer Fachfirma eingehende Untersuchungen mit Tauchgängen zur Situation des Pflanzenbestandes und zu möglichen Massnahmen durchgeführt. Die Erhebungen zeigen, dass unter der Wasseroberfläche vor allem im westlichen Teil ein sehr dichter Pflanzenbestand wächst, der hauptsächlich aus der Nuttalls Wasserpest und teilweise aus Armleuchteralgen besteht. Entscheidend für die Bewuchsdichte sind offenbar die Startbedingungen im Frühjahr wie die Dauer der Eisbedeckung, die Intensität der Schneeschmelze usw. Von Jahr zu Jahr können grosse Unterschiede im Ausmass des Bewuchses und der schwimmenden Matten auftreten. Eine vollständige, endgültige Elimination der robusten Nuttalls Wasserpest aus dem Obersee ist aufgrund der heutigen Erfahrung mit dieser Pflanze nicht möglich. Ein Ausmähen oder Abschöpfen dieser Pflanzen kann punktuell und kurzfristig zu einer Verbesserung führen, hat auf den gesamten Pflanzenbestand aber keinen Einfluss und kann wegen der unkontrollierbaren Verbreitung von Schnittresten kontraproduktiv sein.
Mögliche Massnahmen im Hinblick auf einen ausgewogeneren Pflanzenbestand werden zurzeit geprüft, allenfalls sind im Jahre 2015 zusätzliche Untersuchungen nötig. Die Verantwortlichen von Gemeinde, Kanton und Technischen Betrieben nehmen das Problem des übermässigen Pflanzenbewuchses im Obersee sehr ernst, leider sind keine einfachen oder bequemen Lösungen absehbar.
